Tsüsteamiinvesinikkloriidi võib kasutada kosmeetikavahendite, söödalisandite, haavandivastaste ravimite valmistamisel, samuti võib seda kasutada biokeemilise reaktiivi ja raskete liha-ioonide kompleksainete valmistamisel. See võib reageerida inimkeha ensüümidega ja stabiliseerida selle jõudlust, kui kiirgus on olemas, seetõttu saab seda kasutada kiirgussündroomi ja tetraetüülplii mürgi ravimisel. Sellest võib valmistada tablette või süste.