L-tsüsteiini kasutatakse peamiselt meditsiinis, kosmeetikas, biokeemilistes uuringutes; Kasutatakse leivamaterjalides gluteeni tekke soodustamiseks ning käärimise, hallituse ja vananemise vältimiseks. Kasutatakse looduslikes mahlades, et vältida C-vitamiini oksüdeerumist ja vältida mahla pruunistumist. Tootel on detoksifitseeriv toime, seda saab kasutada akrüülnitriili mürgituse, aromaatse atsidoosi korral.
Atsetüültsüsteiin, tuntud ka kui N-atsetüültsüsteiin või N-atsetüül-L-tsüsteiin (NAC), on ravim, mida kasutatakse üleannustamise raviks ja paksu lima vabastamiseks, näiteks tsüstilise fibroosi või kroonilise obstruktiivse kopsuhaiguse korral.