Ensüümpreparaadidpärinevad organismidest ja on üldiselt ohutumad ning neid saab kasutada sobivates kogustes vastavalt tootmisvajadustele. On kolm peamist mikroorganismide rühma, mis toodavadensüümpreparaadid: niitseened, pärmid ja bakterid, kasutades peamiselt häid õhubaktereid. Mitmete peamiste tööstuslike ensüümide tüved ja kasutamine on järgmine:
(1) Amülaasid
Amülaas hüdrolüüsib tärklist, saades pastalised maltooligosahhariidid ja maltoos. Seda toodetakse peamiselt perekonna Bacillus subtilis ja Bacillus licheniformis kastmisel kääritamisel ning viimane toodab termostabiilseid ensüüme. Lisaks toodetakse seda ka sukeldatud ja pooltahkete ainete abil. kääritamine Aspergilluse ja Rhizopuse tüvedega, mis sobivad toiduainete töötlemiseks. Amülaasi kasutatakse peamiselt suhkru valmistamiseks, tekstiili kuivatamiseks, kääritamise toormaterjalide töötlemiseks ja toiduainete töötlemiseks. Glükoamülaas võib hüdrolüüsida tärklise glükoosiks, mida praegu toodab peaaegu kõik Aspergillus niger sukeldatud kääritamine suhkru tootmiseks, alkoholi tootmiseks, kääritamise tooraine töötlemiseks jne.
(2) Proteaas
Enamkasutatavad tüved ja tootmissordid. Kasutage Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus ja Bacillus subtilis bakteriaalse proteaasi tootmiseks vee all kääritamise teel; kasutage Streptomyces ja Aspergillus sukeldatud kääritamist neutraalse proteaasi ja Aspergillus happe proteaasi tootmiseks naha depilatsiooniks, karusnaha pehmendamiseks, farmaatsia- ja toiduainetööstuses; Mõned perekonnast Mucor kuuluvad bakterid fermenteeritakse pooltahkelt, et saada laap, mis asendab algselt vasikast saadud laapi kõht juustu valmistamisel.
(3) Glükoosi isomeraas
1970. aastatel kiiresti arenenud sort. Esiteks kasutatakse Streptomycesi rakkude saamiseks sukeldatud kääritamist. Pärast immobiliseerimist muundatakse glükoosilahus siirupiks, mis sisaldab umbes 50% fruktoosi. Seda siirupit saab kasutada sahharoosi asemel toiduainetööstuses. Amülaasi, glükoamülaasi ja glükoosi isomeraasi kasutamine maisitärklisest fruktoosisiirupi tootmiseks on muutunud üheks tekkivaks suhkrutööstuseks.
